Mục Chi tòng chinh Nam Yên, trở về trấn áp khởi nghĩa Lư Tuần, thường ngồi sau màn bày sách lược, quyết định mọi việc. Bọn Lưu Nghị ghét Mục Chi thân cận với Lưu Dụ, gặp dịp thì nói kháy ông có quyền lớn, nhưng Dụ lại càng tín nhiệm Mục Chi hơn. Mục Chi ở ngoài nghe thấy gì, không kể lớn nhỏ đều thuật lại với Lưu Dụ, dẫu là lời đùa cợt chốn quê mùa hay chuyện vặt vãnh nơi phố thị cũng không bỏ qua; thành ra Dụ thông tỏ mọi suy nghĩ của dân gian. Mục Chi tính ưa thích khách khứa, trong nhà luôn đầy người; còn bố trí tai mắt nghe ngóng, nhờ đó mọi việc làm của quan dân, ông không gì là không biết. Mục Chi đối với lỗi lầm của thân nhân bạn bè, đều không bỏ qua, nên bị chê trách, ông nói: “Chúa công sáng suốt, về sau sẽ tự hiểu ra. Ta chịu ơn ngài, về nghĩa không thể giấu diếm, đây là Trương Liêu tố cáo Quan Vũ muốn bỏ đi vậy!”

Mọi hành vi cử chỉ của Lưu Dụ, Mục Chi đều uốn nắn; chữ của Dụ xấu, ông nói: “Đây là việc nhỏ, nhưng văn thư gởi đi khắp nơi, xin ngài lưu ý một chút.” Bấy giờ Lưu Dụ đã ngoài 40 tuổi, không thể cải thiện, Mục Chi bèn nói: “Cứ phóng bút viết lớn ra, càng lớn thì càng tốt, không sao cả! Chữ lớn che được khiếm khuyết, còn được cho là có tính rộng rãi!” Lưu Dụ nghe theo, một tờ giấy viết không quá 6, 7 chữ. Mục Chi hễ tiến cử ai thì không được không thôi, thường nói: “Ta dẫu không bằng Tuân lệnh công (tức Tuân Úc) cất nhắc người giỏi, nhưng có thể không cất nhắc người không giỏi.”

Mục Chi cùng Chu Linh Thạch thường xử lý văn thư ở chỗ Lưu Dụ. Từ sớm đến trưa, Mục Chi viết được 100 công hàm, Linh Thạch viết được 80 công hàm, nhưng Mục Chi vừa viết vừa đối đáp không nghỉ.

Mục Chi được chuyển làm Trung quân Thái úy tư mã. Năm thứ 8 (412), được gia chức Đan Dương doãn.